| 분석분류 |
인체위해성평가 |
| 기술명 |
신규삽입유전자산물과 기존에 알려진 독소단백질들과의 아미노산 상동성 검색 |
| 평가항목 |
도입단백질 아미노산 서열, 이벤트(개발균주명)명, 유전자명, 단백질명, 의뢰자 정보 |
| 실험방법 |
NCBI로부터 받은 local database 서열 정보를 toxin로 한정하여 분석한 gi number list를 blastdb_aliastool을 이용하여 database 포맷으로 호환
--BLASTp (Basic Local Alignment Search Tool for protein)를 이용하여 toxin과 연관된 단백질 서열과 도입단백질의 아미노산 서열간의 유사도를 분석
--BLASTp를 이용하여 검색된 데이터들은 전체 아미노산 서열이 E-value (Expectation value)가 0.001이하(Pearson WR. 2013)에서 50% 이상의 similarity (Martens, M.A. 2000)와 30% 이상의 identity (Chothia C, Lesk AM. 1986)를 가지는 경우 유의성이 있다 판정 |
| 분석 예상기간 |
서열확보 후 3개월 |
